応用生物情報学および計算生物学ジャーナル

配列解析

配列分析は、特徴的な生命体のゲノム要素を調べる生物学研究の分野です。配列分析には、配列アラインメント、DNA グループ化、およびその他のゲノム構造ランドマークが組み込まれる場合があります。手動シーケンスでは、応答は 4 つの固有のチューブで発生し、それぞれのチューブには代替 ddNTP が含まれています。したがって、ddATP を含むチューブはすべてアデノシン (A) で終わるセクションを持ち、ddGTP を含むチューブはグアニン (G) で終わるセクションなどを持ちます。

4 つのチューブからのアイテムは、ゲルの平行なパスを走り続けます。右の図は、手動シーケンスの結果を示しています。 DNA 配列決定の結果は、予備配列が放射性マークで標識されているという事実を考慮すると想像できます。 X 線フィルムを少し見せた時点で、放射能によってフィルムは鈍い帯として現れました。その後、科学者または専門家がフィルムからその継承を精読します。連続した結果は、ゲル上の 4 つの平行なパスに積み重ねられます。この図では、最初のパスには、ddCTP を含む応答からの項目が含まれています。

このようにして、そのパスに表示される各バンドは、C で終わるシーケンス項目を表します。ゲルはサイズを考慮してシーケンス項目を分離します。小さな部分は、より多くの部分よりも早くゲルを通過します。 4 つのパスは、ベース (最小) からビート (最大) までのレベル階層で一緒に検討されます。青い線は、グループの閲覧とセクションの継承の説明を横に表示するという要求に従います。機械化されたシーケンスにおける応答は、基本的には手動シーケンスの場合と同じです。

マーキングと熟読という 2 つの主要なコントラストがあります。コンピュータによる塩基配列決定では、アイテムには放射性物質の名前ではなく蛍光色でマークが付けられます。蛍光色は 4 つあり、それぞれが代替の ddNTP と比較されます。 ddATP は緑色、ddTTP は赤色、ddCTP は青色、ddGTP は黄色です。このようにして、各セクションには、終了ヌクレオチド (ddNTP) に応じて、その末端に交互の陰影が付けられます。これにより、配列決定の結果を 4 つの並列パスではなく、ゲルの単独のパスで実行し続けることが可能になります。