植物宿主とその病原体 (細菌、真菌、ウイルス、卵菌、線虫) 間の相互作用は、植物-病原体相互作用として説明されます。病気に強い植物の開発には、高度な遺伝的および統計的手法が採用されています。最も研究されている植物病原体は、細菌(シュードモナス・シリンガエ、ザントモナス・カンペストリス)、真菌(コレトトリクム・デストラクティバム、ボトリチス・シネレア、ゴロビノミセス・オロンティ)、卵菌(ヒアロペロノスポラ属)、ウイルス(カリフラワーモザイクウイルス(CaMV)、トマトモザイクウイルス(TMV))、および線虫 ( Meloidogyne incognita、Heterodera schachtii )。