臨床および実験腫瘍学ジャーナル

遺伝子発現サブタイプとKRAS変異状態を用いて構築されたステージII/III大腸癌の予後モデル

後藤健吾#、新東英二#、吉田雄一郎*、上野英樹、梶原良樹、山寺正人、永田健、津田仁、山本淳司、長谷一夫

目的: DNA マイクロアレイ データに従って分類された癌のサブタイプは、高い精度で予後を予測します。ここでは、臨床使用のための新しい予後モデルを確立することを目的として、既知の生物学的機能を持つ遺伝子のみに基づいた新しい大腸癌 (CC) サブタイプ分類を構築しました。

方法:公開データセット (学習セット) の 73 の一次性 CC 症例のデータを使用して、18 番染色体と 20 番染色体の長腕に位置する遺伝子と間質関連遺伝子に焦点を当てて、発現相関分析を実施しました。同じモジュール内で密接に相関する発現レベルを持つモジュール内の各遺伝子の表現を決定しました。KRAS、BRAF、TP53 の変異は、直接シーケンスを使用して評価しました。マイクロサテライト不安定性 (MSI) は、Bethesda 参照​​パネルを使用して分析しました。

結果：学習セットの55遺伝子の発現レベルに基づいて、CCを3つのサブタイプ（「間質性」、「染色体不安定性[CIN]様」、「MSI様」）に分類する目的で判別モデルを構築した。この予測子をステージII/III大腸がんの他の患者（n=258、テストセット）のマイクロアレイデータに適用したところ、間質性サブタイプと他のサブタイプとの間で無病生存率に有意差があることが判明した（p=1.25e-03）。したがって、55遺伝子の発現レベルとKRAS変異に応じて患者を高リスクグループと低リスクグループに分類するための統合予後モデルを作成した（p=1.56e-06）。根治切除を受けたステージII/III大腸がん患者（n=59、検証セット）の独立した標本の分析により、このモデルの予後価値が確認された（p=4.75e-02）。

結論:このモデルは、MSI 状態と再発リスクを関連付ける生物学的に識別可能な分類子を生成し、補助療法の対象となるステージ II/III CC 患者の選択に臨床的に適用できる可能性があります。